Проучванията на тези селища, намиращи се сега под водата на Варненските езера, водят своето начало от 1921 година, когато е прокопан канал между Варненското и Белославското езеро. Тогава братята Карел и Херминегилд Шкорпил откриват първото селище под водата. Знаейки за сведенията на старогръцкия историк Херодот, който видял такива през V в. пр. Хр. в днешна Македония и по аналогия с подобните в Западна Европа те го определят като наколно. По-късно, през 50те години на ХХ в., при строителството на ТЕЦ-Варна, на пристанищата за дървен материал, Трансстрой и почти навсякъде при всички видове строителни работи на промишлени обекти по южния и северния бряг на езерата близо до водата или под водата са открити останки от редица подобни селища. Към настоящия момент на археологическата наука са известни 13 селища, намиращи се под водите на Варненските езера и датиращи от времето на късната енеолитна и ранната бронзова епохи. Те представляват истински комплекс, непознат другаде не само в района на Югоизточна Европа. Съществуват данни и за още други потънали селища, неустановени с артефакти - в Корабостроителния завод, в канала между Девненското и Варненското езеро, в западния край на пясъчната коса на острова под новия мост и другаде.
Със сигурност известните селища са:

1 - южния бряг на канала близо до стария мост - енеолитна и бронзова епоха 2 - пред сегашната фабрика “Христо Ботев” - бронзова епоха (?) 3 - в двора на Морфлот, южно и съвсем близо до късно енеолитният некропол - енеолитна и бронзова епоха 4 - пред гара Тополите - бронзова епоха 5 - Езерово - енеолитна и бронзова епоха 6 - ТЕЦ “Варна” - енеолитна и бронзова епоха 7 - Арсенала-новия цех - енеолитна и бронзова епоха 8 - Лъджата-стария цех - бронзова епоха 9 - Страшимирово-старата гара - енеолитна и бронзова епоха 10 - Страшимирово - моста на старата жп линия - бронзова епоха 11 - западния край на Белославското езеро - енеолитна и бронзова епоха 12 - при гара Повеляново - енеолитна и бронзова епоха 13 - балтата между гарите Повеляново и Разделна - под трасето на жп линията - бронзова епоха.

Отново трябва да се посочи, че потъналите селища се отнасят само към късната енеолитна и ранната бронзова епоха. За връзката или липсата на такава между двете епохи ще стане дума по-долу.
Късноенеолитните потънали селища са осем на брой, но разположението им на разстояние не по-голямо от 18 км навътре по бреговете на езерата за епохата е твърде показателно и бележи значимо за епохата струпване. Находките от тях са синхронни, което определено сочи не само едновременно заселване на бреговете, но и едновременен разцвет в развитието им. Откриваната шлака от медна руда, както и готовите медни изделия са доказателства за интензивната производствена дейност, кипяла в тях.
Една от най-характерните особености на късноенеолитната битова керамика е украсата й. Древните майстори през тази епоха започват да рисуват върху повърхността на съдовете геометрични мотиви с графитна боя, която след изпичането придобива металносив цвят. Веднага трябва да се посочи видимата разлика при разглеждане на керамиката от селищата от Варненските езера с тази от некропола или от едновременни селища от вътрешността. Съдовете са сходни като форма, състав на глината и украса, но разликата е в това, че керамиката от потъналите селища е с тъмен цвят и няма лъскава повърхност. Това се дължи на дългия престой под водата в анаеробен пласт. Същата промяна на цвета имат и кремъчните сечива, които поради своя органичен състав и дългия престой са с почти черен цвят.
Енеолитните селища са унищожени по време на строителни и най-вече на драгажни работи, като единствено на селището при новия цех на Арсенала са направени подводни археологически проучвания на малък участък от 25 кв. м. Там е установено наличието на енеолитен пласт с дебелина до 0.90 метра, колове от жилища, сечива, фрагменти от керамични съдове и много кости на животни. Не бяха установени жилищни нива или жилищни хоризонти, което дава основание да се твърди, че заливането на жилищата с вода е довело до нарушаване на стратиграфията, позната от културните напластявания в другите селища на сушата. Това може да бъде само при внезапно, бързо покачване на нивото и с достатъчно сила за да размие старите напластявания и стените на жилищата. Коловете, носещи стените на жилищата остават на мястото си и дават грешната по-късна представа, че са от платформа, върху която са строени надводни жилища. Очевидно е, че нивото на водата се е задържало твърде дълго на новата височина, тъй като пластът от морски мекотели, покриващ енеолитния пласт е със значителна дебелина - до 0.90 м. И още по-важното е, че в този пласт липсват артефакти, а също и цветен прашец - полен, което доказва липсата на живот тук. Следващият над него пласт е от времето на ранната бронзова епоха. Неговата дебелина на места достига до 3.5 метра и той е също така хомогенен, както по-ранния. Очевидно и тук има ново рязко покачване на нивото на водата в края на ранната бронзова епоха - около 2 500 г. пр. Хр., което отново се е задържало. Навярно това е последното рязко покачване на морското равнище, ако се съди от по-късните находки по бреговата линия на морето дори до наши дни. За това ще стане дума по-подробно в частта за бронзовата епоха.